โคเออร์ได้เริ่มดำเนินโครงการด้านการอนุรักษ์สิ่งแวดล้อมตั้งแต่เดือนตุลาคม 2542 ด้วยการให้การอบรมผู้ลี้ภัยทุกพื้นที่ตลอดชายแดน ให้เกิดความเข้าใจและตระหนักถึงความจำเป็นในการปกป้องโลกและสิ่งแวดล้อมของเราเพื่อลูกหลานของเราเอง สำหรับพื้นที่พักพิง ฯ บ้านแม่หละเป็นชุมชนผู้ลี้ภัยที่ใหญ่ที่สุด ด้วยประชากรจำนวนถึง 38,288 คน ณ เดือนธันวาคม 2558 โคเออร์แม่สอด จึงดำเนินโครงการจัดการขยะโดยชุมชนแม่หละมีส่วนร่วมมาโดยตลอดเพื่อลดผลกระทบของปฏิกูลต่อชุมชนท้องถิ่นใกล้เคียง ด้วยการให้ความรู้เรื่องการอนุรักษ์สิ่งแวดล้อม การบริหารจัดการขยะ การจัดเก็บประจำวัน การคัดแยกขยะ เพื่อนำสิ่งที่ยังใช้ได้นำกลับมาใช้ใหม่ การกำจัดขยะด้วยการทำปุ๋ย ฝังกลบ จนถึงการเผาขยะด้วยเตาปลอดมลพิษ การตั้งธนาคารขยะ ส่งเสริมกิจกรรมบ้านและโรงเรียนรักษ์สิ่งแวดล้อม เป็นกิจกรรมส่งเสริมการรักษาความสะอาดที่อยู่อาศัยและชุมชน ทั้งนี้เพื่อลดปริมาณขยะและของเสียให้เหลือน้อยที่สุด

การจัดการขยะโดยแรงงานผู้ลี้ภัย ทำการแบ่งเขตพื้นที่ในการจัดเก็บขยะแต่ละวัน

การจัดการขยะ ด้วยเตาเผา เพื่อลดและชะลอจำนวนขยะในบ่อ สำหรับการทำความสะอาดพื้นที่จัดการขยะนั้นยังคงมีการทำความสะอาดโดยการฉีดน้ำส้มสายชูและโรยปูนขาวทุกวันศุกร์เพื่อลดการวางไข่แมลงวันและลดกลิ่นไม่พึงประสงค์ของกลิ่นขยะ

เยี่ยมโครงการบ้านรักษ์สิ่งแวดล้อม - มีเจ้าหน้าที่โคเออร์ได้ออกเยี่ยมดูบ้านที่เข้าร่วมโครงการ บ้านรักษ์สิ่งแวดล้อมอย่างต่อเนื่อง พบว่าบ้านที่เข้าร่วมโครงการมีการคัดแยกขยะอย่างถูกวิธี เนื่องจากเจ้าหน้าที่โคเออร์ได้จัดให้มีการอบรมและให้คำแนะนำอย่างสม่ำเสมอ สำหรับบ้านในโครงการที่มีการปลูกผักสวนครัวเพื่อใช้บริโภคในครอบครัว จะได้รับการสนับสนุนอุปกรณ์การเกษตรพร้อมกับอุปกรณ์ทำความสะอาด เช่นไม้กวาดแข็ง ไม้กวาดอ่อน พลั่ว บัวรดน้ำ และป้ายไวนิลรณรงค์สิ่งแวดล้อม เป็นต้น

โครงการธนาคารขยะ เป็นโครงการที่เปิดโอกาสให้กับผู้ลี้ภัยเข้าร่วมเพื่อเสริมสร้างความรู้และสามารถสร้างรายได้ไห้กับครอบครัว อาทิ การคัดแยกขยะที่ยังนำกลับมาใช้ได้ เพื่อนำไปขายสร้างรายได้ เช่น ถ้วย ชาม กะละมัง พลาสติก ขวดน้ำต่างๆ เนื่องจากมีกระบวนการขั้นตอนการผลิตที่นำกลับมาใช้ใหม่ได้ เป็นการลดต้นทุนวัตถุดิบการผลิต ตลอดจนเป็นการปลูกฝังให้เด็กเห็นคุณค่าของขยะและยังเป็นการลดขยะไปในตัวอีกด้วย